Los focos van a iluminar lo que quieres fotografiar y esa luz se reflejara en la superficie del objeto y parte de ella entrara por el objetivo, esa es la luz que va a aparecer en la foto.
Así que coloca los focos de tal manera, que la luz que emitan incida sobre el sujeto, se refleje y que parte de ese reflejo llegue al objetivo.
O sea que como norma, la luz así

by
Alfredo M. Rubio, en Flickr
Después, dependiendo de que partes del objeto quieras iluminar mas o menos, pues moverás esos focos para que iluminen lo que quieras.
Pero en la macrofotografia apilada, la luz no llega de unos focos (flechas azules), va a llegar desde la superficie del difusor e iluminará por igual a toda la superficie de lo que estas fotografiando.
Para que esto no ocurra, no hay otra que variar la intensidad de la difusión y eso se realiza jugando con las distancias de los focos a la superficie difusora, y también puedes hacerlo variando la potencia lumínica de esos focos o variando el paso de la luz de una parte de esa superficie difusora, o sea usando difusores diferentes en cada parte del cono o semiesfera.
En resumen, que variando la disposición de los focos, su distancia al difusor y la intensidad de ese difusor, llegarás a la forma de iluminar que quieres conseguir.
Y cuando hablamos de micro fotografía el asunto se complica mucho, así que no hay dos casos iguales y no queda otra que experimentar.
En este video puedes ver lo que ocurre con la intensidad de la difusión (para quitar o poner sombras y/o reflejos) variando la distancia del difusor entre el foco de luz y el objeto a fotografiar.
https://www.flickr.com/gp/rubio41/71h2W14V0s (está muy mal hecho, pero se ve)

Difusion by
Alfredo M. Rubio, en Flickr
Este texto de Wendell E. Wilson se refiere a la fotografía de minerales (de lo más difícil que te vas a encontrar) y creo que es una buena lectura
https://mineralogicalrecord.com/wp-cont ... niques.pdf
Y por supuesto
http://extreme-macro.co.uk/lighting/ de Johan J Ingles-Le Nobel
Respecto al problema que dices de los fondos, alejalos de las fuentes de luz para que reflejen menos, situalos de forma que queden en zona de sombra o usa fondos que reflejen menos luz.
Y para los fondos negros lo más sencillo es un pozo al que no le llegue la luz del exterior (un vaso pintado de negro mate, cumple perfectamente).
Saludos.
Alfredo